Éric Waechter est marié et père de 4 enfants. Après une formation d'ingénieur et quelques années passées dans l'industrie des télécommunications, il se forme à la théologie et devient pasteur.

Depuis 2011, Éric Waechter est Secrétaire Général du Réseau FEF (Fraternel Évangélique Français) et chargé de mission pour les CAEF (Communautés et Assemblées Evangéliques de France) dans le domaine de la formation et l'implantation de nouvelles églises.

Il est aussi le délégué CNEF pour le département de la Drôme (26).