Lydia Jaeger a suivi des études supérieures de physique et de mathématiques à l'Université de Cologne, où elle a participé à un groupe de recherche en physique théorique du solide. Diplômée de la Faculté libre de théologie évangélique de Vaux-sur-Seine (Yvelines), elle a travaillé pendant trois années au service de rédaction et de formation biblique de l'Armée du Salut à Paris.

Elle est professeur et directrice des études à l'Institut Biblique de Nogent. Elle a obtenu un doctorat en philosophie de la Sorbonne, sur les rapports entre convictions religieuses et approches contemporaines des lois de la nature. Elle est membre associé du Faraday Institute for Science and Religion et du St. Edmund's College, Université de Cambridge.

Elle est membre de l'American Scientific Affiliation, de Christians in Science (CiS), de la Fellowship of European Evangelical Theologians (FEET), de la Tyndale Fellowship ; elle est membre fondateur de la Société de Philosophie des Sciences.